global replace is evil and should be forbidden

src/Cif2PDB.cpp

@@ -2492,19 +2492,19 @@ void WriteRemark350(std::ostream& pdbFile, Datablock& db)
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[1][1]")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[1][2]")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[1][3]")
-					<< SEP(" ", -14, 5) <<	Ff(r, "std::vector[1]")
+					<< SEP(" ", -14, 5) <<	Ff(r, "vector[1]")
 					<< std::endl
 					<< RM("  BIOMT2 ", -3) <<	Fs(r, "id")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[2][1]")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[2][2]")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[2][3]")
-					<< SEP(" ", -14, 5) <<	Ff(r, "std::vector[2]")
+					<< SEP(" ", -14, 5) <<	Ff(r, "vector[2]")
 					<< std::endl
 					<< RM("  BIOMT3 ", -3) <<	Fs(r, "id")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[3][1]")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[3][2]")
 					<< SEP(" ", -9, 6) <<		Ff(r, "matrix[3][3]")
-					<< SEP(" ", -14, 5) <<	Ff(r, "std::vector[3]")
+					<< SEP(" ", -14, 5) <<	Ff(r, "vector[3]")
 					<< std::endl;
 		}
 	}
@@ -3502,9 +3502,9 @@ int WriteCoordinateTransformation(std::ostream& pdbFile, Datablock& db)
 	{
 		std::string given = r["code"] == "given" ? "1" : "";
 		
-		pdbFile << (kMTRIX % 1 % nr % r["matrix[1][1]"].as<float>() % r["matrix[1][2]"].as<float>() % r["matrix[1][3]"].as<float>() % r["std::vector[1]"].as<float>() % given) << std::endl;
-		pdbFile << (kMTRIX % 2 % nr % r["matrix[2][1]"].as<float>() % r["matrix[2][2]"].as<float>() % r["matrix[2][3]"].as<float>() % r["std::vector[2]"].as<float>() % given) << std::endl;
-		pdbFile << (kMTRIX % 3 % nr % r["matrix[3][1]"].as<float>() % r["matrix[3][2]"].as<float>() % r["matrix[3][3]"].as<float>() % r["std::vector[3]"].as<float>() % given) << std::endl;
+		pdbFile << (kMTRIX % 1 % nr % r["matrix[1][1]"].as<float>() % r["matrix[1][2]"].as<float>() % r["matrix[1][3]"].as<float>() % r["vector[1]"].as<float>() % given) << std::endl;
+		pdbFile << (kMTRIX % 2 % nr % r["matrix[2][1]"].as<float>() % r["matrix[2][2]"].as<float>() % r["matrix[2][3]"].as<float>() % r["vector[2]"].as<float>() % given) << std::endl;
+		pdbFile << (kMTRIX % 3 % nr % r["matrix[3][1]"].as<float>() % r["matrix[3][2]"].as<float>() % r["matrix[3][3]"].as<float>() % r["vector[3]"].as<float>() % given) << std::endl;
 		
 		++nr;
 		result += 3;

src/PDB2Cif.cpp

@@ -3077,15 +3077,15 @@ void PDBFileParser::ParseRemark350()
 							{ "matrix[1][1]", (fmt % mat[0]).str() },
 							{ "matrix[1][2]", (fmt % mat[1]).str() },
 							{ "matrix[1][3]", (fmt % mat[2]).str() }, 
-							{ "std::vector[1]", (fmt % vec[0]).str() },
+							{ "vector[1]", (fmt % vec[0]).str() },
 							{ "matrix[2][1]", (fmt % mat[3]).str() },
 							{ "matrix[2][2]", (fmt % mat[4]).str() },
 							{ "matrix[2][3]", (fmt % mat[5]).str() },
-							{ "std::vector[2]", (fmt % vec[1]).str() },
+							{ "vector[2]", (fmt % vec[1]).str() },
 							{ "matrix[3][1]", (fmt % mat[6]).str() },
 							{ "matrix[3][2]", (fmt % mat[7]).str() },
 							{ "matrix[3][3]", (fmt % mat[8]).str() },
-							{ "std::vector[3]", (fmt % vec[2]).str() }
+							{ "vector[3]", (fmt % vec[2]).str() }
 						});
 
 						mat.clear();
@@ -5039,9 +5039,9 @@ void PDBFileParser::ParseCoordinateTransformation()
 			{ "matrix[3][1]", m[2][0] },
 			{ "matrix[3][2]", m[2][1] },
 			{ "matrix[3][3]", m[2][2] },
-			{ "std::vector[1]", v[0] },
-			{ "std::vector[2]", v[1] },
-			{ "std::vector[3]", v[2] },
+			{ "vector[1]", v[0] },
+			{ "vector[2]", v[1] },
+			{ "vector[3]", v[2] },
 			{ "code", igiven ? "given" : "" }
 		});
 	}