Skip to content

L
libcifpp
Commit 87015129 by Maarten L. Hekkelman
Options

Remove cif++/Cif++.hpp 

Implemented reorder by index
parent b317c780
Showing with 127 additions and 2462 deletions
include/cif++/Cif++.hpp deleted 100644 → 0
#error("Don't use this file")
// /*-
// * SPDX-License-Identifier: BSD-2-Clause
// *
// * Copyright (c) 2020 NKI/AVL, Netherlands Cancer Institute
// *
// * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
// * modification, are permitted provided that the following conditions are met:
// *
// * 1. Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
// * list of conditions and the following disclaimer
// * 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
// * this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
// * and/or other materials provided with the distribution.
// *
// * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND
// * ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
// * WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
// * DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR
// * ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
// * (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
// * LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
// * ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
// * (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
// * SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
// */
// #pragma once
// #include <array>
// #include <cstring>
// #include <functional>
// #include <iomanip>
// #include <iostream>
// #include <list>
// #include <optional>
// #include <regex>
// #include <set>
// #include <shared_mutex>
// #include <sstream>
// #include <string>
// #include <boost/format.hpp>
// #include <cif++/utilities.hpp>
// /*
// Simple C++ interface to CIF files.
// Assumptions: a file contains one or more datablocks modelled by the class datablock.
// Each datablock contains categories. These map to the original tables used to fill
// the mmCIF file. Each Category can contain multiple Items, the columns in the table.
// Values are stored as character strings internally.
// Synopsis:
// // create a cif file
// cif::datablock e("1MVE");
// e.append(cif::Category{"_entry", { "id", "1MVE" } });
// cif::Category atomSite("atom_site");
// size_t nr{};
// for (auto& myAtom: atoms)
// {
// atomSite.push_back({
// { "group_PDB", "ATOM" },
// { "id", ++nr },
// { "type_symbol", myAtom.type.str() },
// ...
// });
// }
// e.append(move(atomSite));
// cif::File f;
// f.append(e);
// ofstream os("1mve.cif");
// f.write(os);
// // read
// f.read(ifstream{"1mve.cif"});
// auto& e = f.firstDatablock();
// cout << "ID of datablock: " << e.id() << endl;
// auto& atoms = e["atom_site"];
// for (auto& atom: atoms)
// {
// cout << atom["group_PDB"] << ", "
// << atom["id"] << ", "
// ...
// float x, y, z;
// cif::tie(x, y, z) = atom.get("Cartn_x", "Cartn_y", "Cartn_z");
// ...
// }
// Another way of querying a Category is by using this construct:
// auto cat& = e["atom_site"];
// auto Rows = cat.find(Key("label_asym_id") == "A" and Key("label_seq_id") == 1);
// */
// namespace cif
// {
// // flag for verbose output
// CIFPP_EXPORT extern int VERBOSE;
// // mmCIF mapping
// // A CIF data file in this case contains entries (data blocks) which can contain
// // one or more Category objects. Each Category object contains arrays of Items.
// // Better, you can consider the categories as tables containing columns which
// // are the Items.
// class File;
// class Datablock;
// class Category;
// class Row; // a flyweight class that references data in categories
// class RowSet;
// class Item;
// class Validator;
// struct ValidateItem;
// struct ValidateCategory;
// struct ValidateLink;
// struct ItemColumn;
// struct ItemRow;
// struct ItemValue;
// // --------------------------------------------------------------------
// // class Item
// //
// // This class is only transient, it is used to construct new Rows.
// // Access to already stored data is through an ItemReference object.
// class Item
// {
// public:
// Item() {}
// Item(std::string_view name, char value)
// : mName(name)
// , mValue({value})
// {
// }
// template <typename T, std::enable_if_t<std::is_floating_point_v<T>, int> = 0>
// Item(std::string_view name, const T &value, const char *fmt)
// : mName(name)
// , mValue((boost::format(fmt) % value).str())
// {
// }
// template <typename T, std::enable_if_t<std::is_arithmetic_v<T>, int> = 0>
// Item(const std::string_view name, const T &value)
// : mName(name)
// , mValue(std::to_string(value))
// {
// }
// Item(const std::string_view name, const std::string_view value)
// : mName(name)
// , mValue(value)
// {
// }
// Item(const Item &rhs)
// : mName(rhs.mName)
// , mValue(rhs.mValue)
// {
// }
// Item(Item &&rhs) noexcept
// : mName(std::move(rhs.mName))
// , mValue(std::move(rhs.mValue))
// {
// }
// Item &operator=(const Item &rhs)
// {
// if (this != &rhs)
// {
// mName = rhs.mName;
// mValue = rhs.mValue;
// }
// return *this;
// }
// Item &operator=(Item &&rhs) noexcept
// {
// if (this != &rhs)
// {
// mName = std::move(rhs.mName);
// mValue = std::move(rhs.mValue);
// }
// return *this;
// }
// const std::string &name() const { return mName; }
// const std::string &value() const { return mValue; }
// void value(const std::string &v) { mValue = v; }
// // empty means either null or unknown
// bool empty() const;
// // is_null means the field contains '.'
// bool is_null() const;
// // is_unknown means the field contains '?'
// bool is_unknown() const;
// size_t length() const { return mValue.length(); }
// const char *c_str() const { return mValue.c_str(); }
// private:
// std::string mName;
// std::string mValue;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // class datablock acts as an STL container for Category objects
// class Datablock
// {
// public:
// friend class File;
// using CategoryList = std::list<Category>;
// using iterator = CategoryList::iterator;
// using const_iterator = CategoryList::const_iterator;
// Datablock(const std::string_view name);
// ~Datablock();
// Datablock(const Datablock &) = delete;
// Datablock &operator=(const Datablock &) = delete;
// std::string getName() const { return mName; }
// void setName(const std::string &n) { mName = n; }
// iterator begin() { return mCategories.begin(); }
// iterator end() { return mCategories.end(); }
// const_iterator begin() const { return mCategories.begin(); }
// const_iterator end() const { return mCategories.end(); }
// /// \brief Access to the category with name \a name, will create it if it doesn't exist.
// Category &operator[](std::string_view name);
// // /// \brief Access to the category with name \a name, will throw if it doesn't exist.
// // const Category &operator[](std::string_view name) const;
// /// \brief Access to the category with name \a name, will return an empty category if is doesn't exist.
// const Category &operator[](std::string_view name) const;
// std::tuple<iterator, bool> emplace(std::string_view name);
// bool isValid();
// void validateLinks() const;
// void setValidator(const Validator *v);
// // this one only looks up a Category, returns nullptr if it does not exist
// const Category *get(std::string_view name) const;
// Category *get(std::string_view name);
// void getTagOrder(std::vector<std::string> &tags) const;
// void write(std::ostream &os, const std::vector<std::string> &order);
// void write(std::ostream &os);
// // convenience function, add a line to the software category
// void add_software(const std::string_view name, const std::string &classification,
// const std::string &versionNr, const std::string &versionDate);
// friend bool operator==(const Datablock &lhs, const Datablock &rhs);
// friend std::ostream &operator<<(std::ostream &os, const Datablock &data);
// private:
// CategoryList mCategories; // LRU
// mutable std::shared_mutex mLock;
// std::string mName;
// const Validator *mValidator;
// Datablock *mNext;
// // for returning empty categories in the const operator[]
// mutable std::unique_ptr<Category> mNullCategory;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // class Row acts as a container for Item objects, It has a more useful
// // interface for accessing the contained columns. The get() method
// // returns a RowResult object that can be used to access only a subset
// // of column values by index or by name.
// namespace detail
// {
// // ItemReference is a helper class
// class ItemReference
// {
// public:
// // conversion helper class
// template <typename T, typename = void>
// struct item_value_as;
// template <typename T, std::enable_if_t<std::is_arithmetic_v<T>, int> = 0>
// ItemReference &operator=(const T &value)
// {
// this->operator=(std::to_string(value));
// return *this;
// }
// template <typename T>
// ItemReference &operator=(const std::optional<T> &value)
// {
// if (value)
// this->operator=(*value);
// else
// this->operator=("?");
// return *this;
// }
// ItemReference &operator=(const std::string &value);
// template <typename... Ts>
// void os(const Ts &...v)
// {
// std::ostringstream ss;
// ((ss << v), ...);
// this->operator=(ss.str());
// }
// void swap(ItemReference &b);
// template <typename T = std::string>
// auto as() const
// {
// using value_type = std::remove_cv_t<std::remove_reference_t<T>>;
// return item_value_as<value_type>::convert(*this);
// }
// template <typename T>
// int compare(const T &value, bool icase) const
// {
// return item_value_as<T>::compare(*this, value, icase);
// }
// // empty means either null or unknown
// bool empty() const;
// explicit operator bool() const { return not empty(); }
// // is_null means the field contains '.'
// bool is_null() const;
// // is_unknown means the field contains '?'
// bool is_unknown() const;
// const char *c_str() const;
// // the following returns the defaultValue from either the parameter
// // or, if specified, the value from _item_default.value in the dictionary
// const char *c_str(const char *defaultValue) const;
// bool operator!=(const std::string &s) const { return s != c_str(); }
// bool operator==(const std::string &s) const { return s == c_str(); }
// private:
// friend class ::cif::Row;
// ItemReference(std::string_view name, size_t column, Row &row)
// : mName(name)
// , mColumn(column)
// , mRow(row)
// {
// }
// ItemReference(std::string_view name, size_t column, const Row &row)
// : mName(name)
// , mColumn(column)
// , mRow(const_cast<Row &>(row))
// , mConst(true)
// {
// }
// std::string_view mName;
// size_t mColumn;
// Row &mRow;
// bool mConst = false;
// };
// template <typename T>
// struct ItemReference::item_value_as<T, std::enable_if_t<std::is_floating_point_v<T>>>
// {
// using value_type = std::remove_reference_t<std::remove_cv_t<T>>;
// static value_type convert(const ItemReference &ref)
// {
// value_type result = {};
// if (not ref.empty())
// result = static_cast<value_type>(std::stod(ref.c_str()));
// return result;
// }
// static int compare(const ItemReference &ref, double value, bool icase)
// {
// int result = 0;
// const char *s = ref.c_str();
// if (s == nullptr or *s == 0)
// result = 1;
// else
// {
// try
// {
// auto v = std::strtod(s, nullptr);
// if (v < value)
// result = -1;
// else if (v > value)
// result = 1;
// }
// catch (...)
// {
// if (VERBOSE)
// std::cerr << "conversion error in compare for '" << ref.c_str() << '\'' << std::endl;
// result = 1;
// }
// }
// return result;
// }
// };
// template <typename T>
// struct ItemReference::item_value_as<T, std::enable_if_t<std::is_integral_v<T> and std::is_unsigned_v<T> and not std::is_same_v<T, bool>>>
// {
// static T convert(const ItemReference &ref)
// {
// T result = {};
// if (not ref.empty())
// result = static_cast<T>(std::stoul(ref.c_str()));
// return result;
// }
// static int compare(const ItemReference &ref, unsigned long value, bool icase)
// {
// int result = 0;
// const char *s = ref.c_str();
// if (s == nullptr or *s == 0)
// result = 1;
// else
// {
// try
// {
// auto v = std::strtoul(s, nullptr, 10);
// if (v < value)
// result = -1;
// else if (v > value)
// result = 1;
// }
// catch (...)
// {
// if (VERBOSE)
// std::cerr << "conversion error in compare for '" << ref.c_str() << '\'' << std::endl;
// result = 1;
// }
// }
// return result;
// }
// };
// template <typename T>
// struct ItemReference::item_value_as<T, std::enable_if_t<std::is_integral_v<T> and std::is_signed_v<T> and not std::is_same_v<T, bool>>>
// {
// static T convert(const ItemReference &ref)
// {
// T result = {};
// if (not ref.empty())
// result = static_cast<T>(std::stol(ref.c_str()));
// return result;
// }
// static int compare(const ItemReference &ref, long value, bool icase)
// {
// int result = 0;
// const char *s = ref.c_str();
// if (s == nullptr or *s == 0)
// result = 1;
// else
// {
// try
// {
// auto v = std::strtol(s, nullptr, 10);
// if (v < value)
// result = -1;
// else if (v > value)
// result = 1;
// }
// catch (...)
// {
// if (VERBOSE)
// std::cerr << "conversion error in compare for '" << ref.c_str() << '\'' << std::endl;
// result = 1;
// }
// }
// return result;
// }
// };
// template <typename T>
// struct ItemReference::item_value_as<std::optional<T>>
// {
// static std::optional<T> convert(const ItemReference &ref)
// {
// std::optional<T> result;
// if (ref)
// result = ref.as<T>();
// return result;
// }
// static int compare(const ItemReference &ref, std::optional<T> value, bool icase)
// {
// if (ref.empty() and not value)
// return 0;
// if (ref.empty())
// return -1;
// else if (not value)
// return 1;
// else
// return ref.compare(*value, icase);
// }
// };
// template <typename T>
// struct ItemReference::item_value_as<T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T, bool>>>
// {
// static bool convert(const ItemReference &ref)
// {
// bool result = false;
// if (not ref.empty())
// result = iequals(ref.c_str(), "y");
// return result;
// }
// static int compare(const ItemReference &ref, bool value, bool icase)
// {
// bool rv = convert(ref);
// return value && rv ? 0
// : (rv < value ? -1 : 1);
// }
// };
// template <size_t N>
// struct ItemReference::item_value_as<char[N]>
// {
// static int compare(const ItemReference &ref, const char (&value)[N], bool icase)
// {
// return icase ? cif::icompare(ref.c_str(), value) : std::strcmp(ref.c_str(), value);
// }
// };
// template <>
// struct ItemReference::item_value_as<const char *>
// {
// static const char *convert(const ItemReference &ref)
// {
// return ref.c_str();
// }
// static int compare(const ItemReference &ref, const char *value, bool icase)
// {
// return icase ? cif::icompare(ref.c_str(), value) : std::strcmp(ref.c_str(), value);
// }
// };
// template <>
// struct ItemReference::item_value_as<std::string>
// {
// static std::string convert(const ItemReference &ref)
// {
// return ref.c_str();
// }
// static int compare(const ItemReference &ref, const std::string &value, bool icase)
// {
// return icase ? cif::icompare(ref.c_str(), value) : std::strcmp(ref.c_str(), value.c_str());
// }
// };
// // some helper classes to help create tuple result types
// template <typename... C>
// struct getRowResult
// {
// static constexpr size_t N = sizeof...(C);
// getRowResult(const Row &r, std::array<size_t, N> &&columns)
// : mRow(r)
// , mColumns(std::move(columns))
// {
// }
// const ItemReference operator[](size_t ix) const
// {
// return mRow[mColumns[ix]];
// }
// template <typename... Ts, std::enable_if_t<N == sizeof...(Ts), int> = 0>
// operator std::tuple<Ts...>() const
// {
// return get<Ts...>(std::index_sequence_for<Ts...>{});
// }
// template <typename... Ts, std::size_t... Is>
// std::tuple<Ts...> get(std::index_sequence<Is...>) const
// {
// return std::tuple<Ts...>{mRow[mColumns[Is]].template as<Ts>()...};
// }
// const Row &mRow;
// std::array<size_t, N> mColumns;
// };
// // we want to be able to tie some variables to a RowResult, for this we use tiewraps
// template <typename... Ts>
// struct tieWrap
// {
// tieWrap(Ts... args)
// : mVal(args...)
// {
// }
// template <typename RR>
// void operator=(const RR &&rr)
// {
// // getRowResult will do the conversion, but only if the types
// // are compatible. That means the number of parameters to the get()
// // of the row should be equal to the number of items in the tuple
// // you are trying to tie.
// using RType = std::tuple<typename std::remove_reference<Ts>::type...>;
// mVal = static_cast<RType>(rr);
// }
// std::tuple<Ts...> mVal;
// };
// } // namespace detail
// template <typename... Ts>
// auto tie(Ts &...v)
// {
// return detail::tieWrap<Ts &...>(std::forward<Ts &>(v)...);
// }
// class Row
// {
// public:
// friend class Category;
// friend class CatIndex;
// friend class RowComparator;
// friend class detail::ItemReference;
// friend class RowSet;
// Row()
// : mData(nullptr)
// {
// }
// Row(ItemRow *data)
// : mData(data)
// {
// }
// Row(const ItemRow *data)
// : mData(const_cast<ItemRow *>(data))
// , mCascade(false)
// {
// }
// Row(const Row &rhs);
// Row &operator=(const Row &rhs);
// Row(Row &&rhs);
// Row &operator=(Row &&rhs);
// ~Row();
// void setCascading(bool cascade)
// {
// mCascade = cascade;
// }
// void next() const;
// struct const_iterator
// {
// using iterator_category = std::forward_iterator_tag;
// using value_type = const Item;
// using difference_type = std::ptrdiff_t;
// using pointer = value_type *;
// using reference = value_type &;
// const_iterator(ItemRow *data, ItemValue *ptr);
// reference operator*() { return mCurrent; }
// pointer operator->() { return &mCurrent; }
// const_iterator &operator++();
// const_iterator operator++(int)
// {
// const_iterator result(*this);
// this->operator++();
// return result;
// }
// bool operator==(const const_iterator &rhs) const { return mPtr == rhs.mPtr; }
// bool operator!=(const const_iterator &rhs) const { return mPtr != rhs.mPtr; }
// private:
// void fetch();
// ItemRow *mData;
// ItemValue *mPtr;
// Item mCurrent;
// };
// // checks for an initialized Row:
// explicit operator bool() const { return mData != nullptr; }
// // for debugging
// uint32_t lineNr() const;
// void lineNr(uint32_t l);
// bool empty() const;
// const_iterator begin() const;
// const_iterator end() const;
// // TODO: implement real const version?
// friend class detail::ItemReference;
// const detail::ItemReference operator[](size_t column) const
// {
// return detail::ItemReference("<anonymous column>", column, *this);
// }
// const detail::ItemReference operator[](const char *itemTag) const
// {
// size_t column = ColumnForItemTag(itemTag);
// return detail::ItemReference(itemTag, column, *this);
// }
// detail::ItemReference operator[](const char *itemTag)
// {
// size_t column = ColumnForItemTag(itemTag);
// return detail::ItemReference(itemTag, column, *this);
// }
// const detail::ItemReference operator[](std::string_view itemTag) const
// {
// size_t column = ColumnForItemTag(itemTag);
// return detail::ItemReference(itemTag, column, *this);
// }
// detail::ItemReference operator[](std::string_view itemTag)
// {
// size_t column = ColumnForItemTag(itemTag);
// return detail::ItemReference(itemTag, column, *this);
// }
// template <typename... Ts, size_t N>
// std::tuple<Ts...> get(char const *const (&columns)[N]) const
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == N, "Number of columns should be equal to number of types to return");
// std::array<size_t, N> cix;
// for (size_t i = 0; i < N; ++i)
// cix[i] = ColumnForItemTag(columns[i]);
// return detail::getRowResult<Ts...>(*this, std::move(cix));
// }
// template <typename... C>
// auto get(C... columns) const
// {
// return detail::getRowResult<C...>(*this, {ColumnForItemTag(columns)...});
// }
// void assign(const std::vector<Item> &values);
// void assign(std::string_view name, const std::string &value, bool updateLinked, bool validate = true);
// bool operator==(const Row &rhs) const
// {
// return mData == rhs.mData;
// }
// bool operator!=(const Row &rhs) const
// {
// return mData != rhs.mData;
// }
// ItemRow *data() const { return mData; }
// void swap(Row &rhs)
// {
// std::swap(mData, rhs.mData);
// }
// friend std::ostream &operator<<(std::ostream &os, const Row &row);
// private:
// void assign(size_t column, const std::string &value, bool updateLinked, bool validate = true);
// void assign(const Item &i, bool updateLinked);
// static void swap(size_t column, ItemRow *a, ItemRow *b);
// size_t ColumnForItemTag(std::string_view itemTag) const;
// mutable ItemRow *mData;
// uint32_t mLineNr = 0;
// bool mCascade = true;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // some more templates to be able to do querying
// namespace detail
// {
// struct ConditionImpl
// {
// virtual ~ConditionImpl() {}
// virtual void prepare(const Category &c) {}
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const = 0;
// virtual void str(std::ostream &os) const = 0;
// };
// struct AllConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const { return true; }
// virtual void str(std::ostream &os) const { os << "*"; }
// };
// struct OrConditionImpl;
// struct AndConditionImpl;
// struct NotConditionImpl;
// } // namespace detail
// class Condition
// {
// public:
// Condition()
// : mImpl(nullptr)
// {
// }
// Condition(detail::ConditionImpl *impl)
// : mImpl(impl)
// {
// }
// Condition(const Condition &) = delete;
// Condition(Condition &&rhs) noexcept
// : mImpl(nullptr)
// {
// std::swap(mImpl, rhs.mImpl);
// }
// Condition &operator=(const Condition &) = delete;
// Condition &operator=(Condition &&rhs) noexcept
// {
// std::swap(mImpl, rhs.mImpl);
// return *this;
// }
// ~Condition()
// {
// delete mImpl;
// mImpl = nullptr;
// }
// void prepare(const Category &c)
// {
// if (mImpl)
// mImpl->prepare(c);
// mPrepared = true;
// }
// bool operator()(const Category &c, const Row &r) const
// {
// assert(mImpl);
// assert(mPrepared);
// return mImpl ? mImpl->test(c, r) : false;
// }
// bool empty() const { return mImpl == nullptr; }
// friend Condition operator||(Condition &&a, Condition &&b);
// friend Condition operator&&(Condition &&a, Condition &&b);
// friend struct detail::OrConditionImpl;
// friend struct detail::AndConditionImpl;
// friend struct detail::NotConditionImpl;
// void swap(Condition &rhs)
// {
// std::swap(mImpl, rhs.mImpl);
// std::swap(mPrepared, rhs.mPrepared);
// }
// friend std::ostream &operator<<(std::ostream &os, const Condition &cond);
// private:
// detail::ConditionImpl *mImpl;
// bool mPrepared = false;
// };
// inline std::ostream &operator<<(std::ostream &os, const Condition &cond)
// {
// if (cond.mImpl)
// cond.mImpl->str(os);
// return os;
// }
// namespace detail
// {
// struct KeyIsEmptyConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// KeyIsEmptyConditionImpl(const std::string &ItemTag)
// : mItemTag(ItemTag)
// {
// }
// virtual void prepare(const Category &c);
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// return r[mItemIx].empty();
// }
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << mItemTag << " IS NULL";
// }
// std::string mItemTag;
// size_t mItemIx = 0;
// };
// struct KeyCompareConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// template <typename COMP>
// KeyCompareConditionImpl(const std::string &ItemTag, COMP &&comp, const std::string &s)
// : mItemTag(ItemTag)
// , mComp(std::move(comp))
// , mStr(s)
// {
// }
// virtual void prepare(const Category &c);
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// return mComp(c, r, mCaseInsensitive);
// }
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << mItemTag << (mCaseInsensitive ? "^ " : " ") << mStr;
// }
// std::string mItemTag;
// size_t mItemIx = 0;
// bool mCaseInsensitive = false;
// std::function<bool(const Category &, const Row &, bool)> mComp;
// std::string mStr;
// };
// struct KeyMatchesConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// KeyMatchesConditionImpl(const std::string &ItemTag, const std::regex &rx)
// : mItemTag(ItemTag)
// , mItemIx(0)
// , mRx(rx)
// {
// }
// virtual void prepare(const Category &c);
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// return std::regex_match(r[mItemIx].as<std::string>(), mRx);
// }
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << mItemTag << " =~ expression";
// }
// std::string mItemTag;
// size_t mItemIx;
// std::regex mRx;
// };
// template <typename T>
// struct AnyIsConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// typedef T valueType;
// AnyIsConditionImpl(const valueType &value)
// : mValue(value)
// {
// }
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const;
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << "<any> == " << mValue;
// }
// valueType mValue;
// };
// struct AnyMatchesConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// AnyMatchesConditionImpl(const std::regex &rx)
// : mRx(rx)
// {
// }
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const;
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << "<any> =~ expression";
// }
// std::regex mRx;
// };
// struct AndConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// AndConditionImpl(Condition &&a, Condition &&b)
// : mA(nullptr)
// , mB(nullptr)
// {
// std::swap(mA, a.mImpl);
// std::swap(mB, b.mImpl);
// }
// ~AndConditionImpl()
// {
// delete mA;
// delete mB;
// }
// virtual void prepare(const Category &c)
// {
// mA->prepare(c);
// mB->prepare(c);
// }
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// return mA->test(c, r) and mB->test(c, r);
// }
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << '(';
// mA->str(os);
// os << ") AND (";
// mB->str(os);
// os << ')';
// }
// ConditionImpl *mA;
// ConditionImpl *mB;
// };
// struct OrConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// OrConditionImpl(Condition &&a, Condition &&b)
// : mA(nullptr)
// , mB(nullptr)
// {
// std::swap(mA, a.mImpl);
// std::swap(mB, b.mImpl);
// }
// ~OrConditionImpl()
// {
// delete mA;
// delete mB;
// }
// virtual void prepare(const Category &c)
// {
// mA->prepare(c);
// mB->prepare(c);
// }
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// return mA->test(c, r) or mB->test(c, r);
// }
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << '(';
// mA->str(os);
// os << ") OR (";
// mB->str(os);
// os << ')';
// }
// ConditionImpl *mA;
// ConditionImpl *mB;
// };
// struct NotConditionImpl : public ConditionImpl
// {
// NotConditionImpl(Condition &&a)
// : mA(nullptr)
// {
// std::swap(mA, a.mImpl);
// }
// ~NotConditionImpl()
// {
// delete mA;
// }
// virtual void prepare(const Category &c)
// {
// mA->prepare(c);
// }
// virtual bool test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// return not mA->test(c, r);
// }
// virtual void str(std::ostream &os) const
// {
// os << "NOT (";
// mA->str(os);
// os << ')';
// }
// ConditionImpl *mA;
// };
// } // namespace detail
// inline Condition operator&&(Condition &&a, Condition &&b)
// {
// if (a.mImpl and b.mImpl)
// return Condition(new detail::AndConditionImpl(std::move(a), std::move(b)));
// if (a.mImpl)
// return Condition(std::move(a));
// return Condition(std::move(b));
// }
// inline Condition operator||(Condition &&a, Condition &&b)
// {
// if (a.mImpl and b.mImpl)
// return Condition(new detail::OrConditionImpl(std::move(a), std::move(b)));
// if (a.mImpl)
// return Condition(std::move(a));
// return Condition(std::move(b));
// }
// struct Empty
// {
// };
// /// \brief A helper to make it possible to have conditions like ("id"_key == cif::null)
// inline constexpr Empty null = Empty();
// struct Key
// {
// explicit Key(const std::string &itemTag)
// : mItemTag(itemTag)
// {
// }
// explicit Key(const char *itemTag)
// : mItemTag(itemTag)
// {
// }
// Key(const Key &) = delete;
// Key &operator=(const Key &) = delete;
// std::string mItemTag;
// };
// template <typename T>
// Condition operator==(const Key &key, const T &v)
// {
// std::ostringstream s;
// s << " == " << v;
// return Condition(new detail::KeyCompareConditionImpl(
// key.mItemTag, [tag = key.mItemTag, v](const Category &c, const Row &r, bool icase)
// { return r[tag].template compare<T>(v, icase) == 0; },
// s.str()));
// }
// inline Condition operator==(const Key &key, const char *value)
// {
// if (value != nullptr and *value != 0)
// {
// std::ostringstream s;
// s << " == " << value;
// return Condition(new detail::KeyCompareConditionImpl(
// key.mItemTag, [tag = key.mItemTag, value](const Category &c, const Row &r, bool icase)
// { return r[tag].compare(value, icase) == 0; },
// s.str()));
// }
// else
// return Condition(new detail::KeyIsEmptyConditionImpl(key.mItemTag));
// }
// // inline Condition operator==(const Key& key, const detail::ItemReference& v)
// // {
// // if (v.empty())
// // return Condition(new detail::KeyIsEmptyConditionImpl(key.mItemTag));
// // else
// // return Condition(new detail::KeyCompareConditionImpl(key.mItemTag, [tag = key.mItemTag, v](const Category& c, const Row& r, bool icase)
// // { return r[tag].template compare<(v, icase) == 0; }));
// // }
// inline Condition operator==(const Key &key, const Empty &)
// {
// return Condition(new detail::KeyIsEmptyConditionImpl(key.mItemTag));
// }
// template <typename T>
// Condition operator!=(const Key &key, const T &v)
// {
// return Condition(new detail::NotConditionImpl(operator==(key, v)));
// }
// inline Condition operator!=(const Key &key, const char *v)
// {
// std::string value(v ? v : "");
// return Condition(new detail::NotConditionImpl(operator==(key, value)));
// }
// template <typename T>
// Condition operator>(const Key &key, const T &v)
// {
// std::ostringstream s;
// s << " > " << v;
// return Condition(new detail::KeyCompareConditionImpl(
// key.mItemTag, [tag = key.mItemTag, v](const Category &c, const Row &r, bool icase)
// { return r[tag].template compare<T>(v, icase) > 0; },
// s.str()));
// }
// template <typename T>
// Condition operator>=(const Key &key, const T &v)
// {
// std::ostringstream s;
// s << " >= " << v;
// return Condition(new detail::KeyCompareConditionImpl(
// key.mItemTag, [tag = key.mItemTag, v](const Category &c, const Row &r, bool icase)
// { return r[tag].template compare<T>(v, icase) >= 0; },
// s.str()));
// }
// template <typename T>
// Condition operator<(const Key &key, const T &v)
// {
// std::ostringstream s;
// s << " < " << v;
// return Condition(new detail::KeyCompareConditionImpl(
// key.mItemTag, [tag = key.mItemTag, v](const Category &c, const Row &r, bool icase)
// { return r[tag].template compare<T>(v, icase) < 0; },
// s.str()));
// }
// template <typename T>
// Condition operator<=(const Key &key, const T &v)
// {
// std::ostringstream s;
// s << " <= " << v;
// return Condition(new detail::KeyCompareConditionImpl(
// key.mItemTag, [tag = key.mItemTag, v](const Category &c, const Row &r, bool icase)
// { return r[tag].template compare<T>(v, icase) <= 0; },
// s.str()));
// }
// template <>
// inline Condition operator==(const Key &key, const std::regex &rx)
// {
// return Condition(new detail::KeyMatchesConditionImpl(key.mItemTag, rx));
// }
// template <>
// inline Condition operator==(const Key &key, const Empty &)
// {
// return Condition(new detail::KeyIsEmptyConditionImpl(key.mItemTag));
// }
// struct any
// {
// template <typename T>
// Condition operator==(const T &v) const
// {
// return Condition(new detail::AnyIsConditionImpl<T>(v));
// }
// };
// template <>
// inline Condition any::operator==(const std::regex &rx) const
// {
// return Condition(new detail::AnyMatchesConditionImpl(rx));
// }
// inline Condition All()
// {
// return Condition(new detail::AllConditionImpl());
// }
// inline Condition Not(Condition &&cond)
// {
// return Condition(new detail::NotConditionImpl(std::move(cond)));
// }
// namespace literals
// {
// inline Key operator""_key(const char *text, size_t length)
// {
// return Key(std::string(text, length));
// }
// inline constexpr Empty Null = Empty();
// } // namespace literals
// // -----------------------------------------------------------------------
// // iterators
// template <typename Category, typename... Ts>
// class iterator_impl
// {
// public:
// template <typename, typename...>
// friend class iterator_impl;
// static constexpr size_t N = sizeof...(Ts);
// using row_type = std::conditional_t<std::is_const_v<Category>, const Row, Row>;
// using iterator_category = std::forward_iterator_tag;
// using value_type = std::conditional_t<N == 0, row_type, std::tuple<Ts...>>;
// using difference_type = std::ptrdiff_t;
// using pointer = value_type *;
// using reference = value_type &;
// // default constructor, equal to end()
// iterator_impl() {}
// iterator_impl(const iterator_impl &rhs)
// : mCurrent(rhs.mCurrent)
// , mValue(rhs.mValue)
// , mCix(rhs.mCix)
// {
// }
// iterator_impl(ItemRow *data)
// : mCurrent(data)
// {
// static_assert(N == 0, "Only valid if this is a row iterator, not a row<xxx> iterator");
// }
// iterator_impl(ItemRow *data, const std::array<size_t, N> &cix)
// : mCurrent(data)
// , mCix(cix)
// {
// }
// template <typename IRowType>
// iterator_impl(iterator_impl<IRowType, Ts...> &rhs)
// : mCurrent(rhs.mCurrent)
// , mCix(rhs.mCix)
// {
// if constexpr (N > 0)
// mValue = get(mCurrent, std::make_index_sequence<N>());
// }
// template <typename IRowType>
// iterator_impl(const iterator_impl<IRowType> &rhs, const std::array<size_t, N> &cix)
// : mCurrent(rhs.mCurrent)
// , mCix(cix)
// {
// if constexpr (N > 0)
// mValue = get(mCurrent, std::make_index_sequence<N>());
// }
// iterator_impl &operator=(const iterator_impl &i)
// {
// mCurrent = i.mCurrent;
// if constexpr (N != 0)
// {
// mCix = i.mCix;
// mValue = i.mValue;
// }
// return *this;
// }
// virtual ~iterator_impl() = default;
// reference operator*()
// {
// if constexpr (N == 0)
// return mCurrent;
// else
// return mValue;
// }
// pointer operator->()
// {
// if constexpr (N == 0)
// return &mCurrent;
// else
// return &mValue;
// }
// row_type row() const
// {
// return mCurrent;
// }
// iterator_impl &operator++()
// {
// mCurrent.next();
// if constexpr (N != 0)
// mValue = get(mCurrent, std::make_index_sequence<N>());
// return *this;
// }
// iterator_impl operator++(int)
// {
// iterator_impl result(*this);
// this->operator++();
// return result;
// }
// bool operator==(const iterator_impl &rhs) const { return mCurrent == rhs.mCurrent; }
// bool operator!=(const iterator_impl &rhs) const { return mCurrent != rhs.mCurrent; }
// template <typename IRowType, typename... ITs>
// bool operator==(const iterator_impl<IRowType, ITs...> &rhs) const
// {
// return mCurrent == rhs.mCurrent;
// }
// template <typename IRowType, typename... ITs>
// bool operator!=(const iterator_impl<IRowType, ITs...> &rhs) const
// {
// return mCurrent != rhs.mCurrent;
// }
// private:
// template <std::size_t... Is>
// std::tuple<Ts...> get(row_type row, std::index_sequence<Is...>) const
// {
// if (row)
// return std::tuple<Ts...>{row[mCix[Is]].template as<Ts>()...};
// return {};
// }
// row_type mCurrent;
// value_type mValue;
// std::array<size_t, N> mCix;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // iterator proxy
// template <typename Category, typename... Ts>
// class iterator_proxy
// {
// public:
// static constexpr const size_t N = sizeof...(Ts);
// using row_type = std::conditional_t<std::is_const_v<Category>, const Row, Row>;
// using iterator = iterator_impl<row_type, Ts...>;
// using row_iterator = iterator_impl<row_type>;
// iterator_proxy(Category &cat, row_iterator pos, char const *const columns[N]);
// iterator_proxy(Category &cat, row_iterator pos, std::initializer_list<char const *> columns);
// iterator_proxy(iterator_proxy &&p);
// iterator_proxy &operator=(iterator_proxy &&p);
// iterator_proxy(const iterator_proxy &) = delete;
// iterator_proxy &operator=(const iterator_proxy &) = delete;
// iterator begin() const { return iterator(mCBegin, mCix); }
// iterator end() const { return iterator(mCEnd, mCix); }
// bool empty() const { return mCBegin == mCEnd; }
// explicit operator bool() const { return not empty(); }
// size_t size() const { return std::distance(begin(), end()); }
// row_type front() { return *begin(); }
// row_type back() { return *(std::prev(end())); }
// Category &category() const { return *mCat; }
// void swap(iterator_proxy &rhs)
// {
// std::swap(mCat, rhs.mCat);
// std::swap(mCBegin, rhs.mCBegin);
// std::swap(mCEnd, rhs.mCEnd);
// std::swap(mCix, rhs.mCix);
// }
// private:
// Category *mCat;
// row_iterator mCBegin, mCEnd;
// std::array<size_t, N> mCix;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // conditional iterator proxy
// template <typename Category, typename... Ts>
// class conditional_iterator_proxy
// {
// public:
// static constexpr const size_t N = sizeof...(Ts);
// using base_iterator = iterator_impl<Category, Ts...>;
// using value_type = typename base_iterator::value_type;
// using row_type = typename base_iterator::row_type;
// using row_iterator = iterator_impl<row_type>;
// class conditional_iterator_impl
// {
// public:
// using iterator_category = std::forward_iterator_tag;
// using value_type = conditional_iterator_proxy::value_type;
// using difference_type = std::ptrdiff_t;
// using pointer = value_type *;
// using reference = value_type &;
// conditional_iterator_impl(Category &cat, row_iterator pos, const Condition &cond, const std::array<size_t, N> &cix);
// conditional_iterator_impl(const conditional_iterator_impl &i) = default;
// conditional_iterator_impl &operator=(const conditional_iterator_impl &i) = default;
// virtual ~conditional_iterator_impl() = default;
// reference operator*()
// {
// return *mBegin;
// }
// pointer operator->()
// {
// return &*mBegin;
// }
// conditional_iterator_impl &operator++()
// {
// while (mBegin != mEnd)
// {
// if (++mBegin == mEnd)
// break;
// if ((*mCondition)(*mCat, mBegin.row()))
// break;
// }
// return *this;
// }
// conditional_iterator_impl operator++(int)
// {
// conditional_iterator_impl result(*this);
// this->operator++();
// return result;
// }
// bool operator==(const conditional_iterator_impl &rhs) const { return mBegin == rhs.mBegin; }
// bool operator!=(const conditional_iterator_impl &rhs) const { return mBegin != rhs.mBegin; }
// template <typename IRowType, typename... ITs>
// bool operator==(const iterator_impl<IRowType, ITs...> &rhs) const { return mBegin == rhs; }
// template <typename IRowType, typename... ITs>
// bool operator!=(const iterator_impl<IRowType, ITs...> &rhs) const { return mBegin != rhs; }
// private:
// Category *mCat;
// base_iterator mBegin, mEnd;
// const Condition *mCondition;
// };
// using iterator = conditional_iterator_impl;
// using reference = typename iterator::reference;
// template <typename... Ns>
// conditional_iterator_proxy(Category &cat, row_iterator pos, Condition &&cond, Ns... names);
// conditional_iterator_proxy(conditional_iterator_proxy &&p);
// conditional_iterator_proxy &operator=(conditional_iterator_proxy &&p);
// conditional_iterator_proxy(const conditional_iterator_proxy &) = delete;
// conditional_iterator_proxy &operator=(const conditional_iterator_proxy &) = delete;
// iterator begin() const;
// iterator end() const;
// bool empty() const;
// explicit operator bool() const { return not empty(); }
// size_t size() const { return std::distance(begin(), end()); }
// row_type front() { return *begin(); }
// Category &category() const { return *mCat; }
// void swap(conditional_iterator_proxy &rhs);
// private:
// Category *mCat;
// Condition mCondition;
// row_iterator mCBegin, mCEnd;
// std::array<size_t, N> mCix;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // class RowSet is used to return find results. Use it to re-order the results
// // or to group them
// class RowSet
// {
// typedef std::vector<Row> base_type;
// public:
// using size_type = std::size_t;
// using difference_type = std::ptrdiff_t;
// RowSet(Category &cat);
// RowSet(Category &cat, Condition &&cond);
// RowSet(const RowSet &rhs);
// RowSet(RowSet &&rhs);
// virtual ~RowSet();
// RowSet &operator=(const RowSet &rhs);
// RowSet &operator=(RowSet &&rhs);
// RowSet &orderBy(const std::string &Item)
// {
// return orderBy({Item});
// }
// RowSet &orderBy(std::initializer_list<std::string> Items);
// class iterator
// {
// public:
// using iterator_category = std::forward_iterator_tag;
// using value_type = Row;
// using difference_type = std::ptrdiff_t;
// using pointer = value_type *;
// using reference = value_type &;
// iterator() {}
// iterator(const iterator &i)
// : mPos(i.mPos)
// , mEnd(i.mEnd)
// , mCurrentRow(i.mCurrentRow)
// {
// }
// iterator(const std::vector<ItemRow *>::iterator &p, const std::vector<ItemRow *>::iterator &e)
// : mPos(p)
// , mEnd(e)
// , mCurrentRow(p == e ? nullptr : *p)
// {
// }
// iterator &operator=(const iterator &i)
// {
// mPos = i.mPos;
// mEnd = i.mEnd;
// mCurrentRow = i.mCurrentRow;
// return *this;
// }
// reference operator*() { return mCurrentRow; }
// pointer operator->() { return &mCurrentRow; }
// iterator &operator++()
// {
// ++mPos;
// if (mPos != mEnd)
// mCurrentRow = Row(*mPos);
// else
// mCurrentRow = Row();
// return *this;
// }
// iterator operator++(int)
// {
// iterator t(*this);
// operator++();
// return t;
// }
// iterator &operator+=(difference_type i)
// {
// while (i-- > 0)
// operator++();
// return *this;
// }
// iterator operator+(difference_type i) const
// {
// auto result = *this;
// result += i;
// return result;
// }
// friend iterator operator+(difference_type i, const iterator &iter)
// {
// auto result = iter;
// result += i;
// return result;
// }
// friend difference_type operator-(const iterator &a, const iterator &b)
// {
// return std::distance(a.mPos, b.mPos);
// }
// bool operator==(const iterator &i) const { return mPos == i.mPos; }
// bool operator!=(const iterator &i) const { return mPos != i.mPos; }
// private:
// friend class RowSet;
// std::vector<ItemRow *>::iterator current() const { return mPos; }
// std::vector<ItemRow *>::iterator mPos, mEnd;
// Row mCurrentRow;
// };
// iterator begin() { return iterator(mItems.begin(), mItems.end()); }
// iterator end() { return iterator(mItems.end(), mItems.end()); }
// Row front() const { return Row(mItems.front()); }
// size_t size() const { return mItems.size(); }
// bool empty() const { return mItems.empty(); }
// template <typename InputIterator>
// iterator insert(iterator pos, InputIterator b, InputIterator e)
// {
// difference_type offset = pos - begin();
// for (auto i = b; i != e; ++i, ++offset)
// insert(begin() + offset, *i);
// return begin() + offset;
// }
// iterator insert(iterator pos, Row &row)
// {
// return insert(pos, row.mData);
// }
// iterator insert(iterator pos, ItemRow *item)
// {
// auto p = mItems.insert(pos.current(), item);
// return iterator(p, mItems.end());
// }
// iterator push_back(ItemRow *item)
// {
// return insert(end(), item);
// }
// iterator push_back(Row &row)
// {
// return insert(end(), row.mData);
// }
// void make_unique()
// {
// std::sort(mItems.begin(), mItems.end());
// mItems.erase(std::unique(mItems.begin(), mItems.end()), mItems.end());
// }
// private:
// Category *mCat;
// std::vector<ItemRow *> mItems;
// // Condition* mCond;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // class Category acts as an STL container for Row objects
// class Category
// {
// public:
// friend class Datablock;
// friend class Row;
// friend class detail::ItemReference;
// Category(Datablock &db, const std::string_view name, const Validator *Validator);
// Category(const Category &) = delete;
// Category &operator=(const Category &) = delete;
// ~Category();
// const std::string &name() const { return mName; }
// using iterator = iterator_impl<Row>;
// using const_iterator = iterator_impl<const Row>;
// iterator begin();
// iterator end();
// const_iterator cbegin() const;
// const_iterator cend() const;
// const_iterator begin() const;
// const_iterator end() const;
// bool empty() const;
// size_t size() const;
// void clear();
// Row front() { return Row(mHead); }
// Row back() { return Row(mTail); }
// const Row front() const { return Row(mHead); }
// const Row back() const { return Row(mTail); }
// Row operator[](Condition &&cond);
// const Row operator[](Condition &&cond) const;
// template <typename... Ts, typename... Ns>
// iterator_proxy<const Category, Ts...> rows(Ns... names) const
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Ns), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// return iterator_proxy<const Category, Ts...>(*this, begin(), {names...});
// }
// template <typename... Ts, typename... Ns>
// iterator_proxy<Category, Ts...> rows(Ns... names)
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Ns), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// return iterator_proxy<Category, Ts...>(*this, begin(), {names...});
// }
// conditional_iterator_proxy<Category> find(Condition &&cond)
// {
// return find(cbegin(), std::forward<Condition>(cond));
// }
// conditional_iterator_proxy<Category> find(const_iterator pos, Condition &&cond)
// {
// return {*this, pos, std::forward<Condition>(cond)};
// }
// conditional_iterator_proxy<const Category> find(Condition &&cond) const
// {
// return find(cbegin(), std::forward<Condition>(cond));
// }
// conditional_iterator_proxy<const Category> find(const_iterator pos, Condition &&cond) const
// {
// return conditional_iterator_proxy<const Category>{const_cast<Category &>(*this), pos, std::forward<Condition>(cond)};
// }
// template <typename... Ts, typename... Ns>
// conditional_iterator_proxy<Category, Ts...> find(Condition &&cond, Ns... names)
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Ns), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// return find<Ts...>(cbegin(), std::forward<Condition>(cond), std::forward<Ns>(names)...);
// }
// template <typename... Ts, typename... Ns>
// conditional_iterator_proxy<const Category, Ts...> find(Condition &&cond, Ns... names) const
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Ns), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// return find<Ts...>(cbegin(), std::forward<Condition>(cond), std::forward<Ns>(names)...);
// }
// template <typename... Ts, typename... Ns>
// conditional_iterator_proxy<Category, Ts...> find(const_iterator pos, Condition &&cond, Ns... names)
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Ns), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// return {*this, pos, std::forward<Condition>(cond), std::forward<Ns>(names)...};
// }
// template <typename... Ts, typename... Ns>
// conditional_iterator_proxy<const Category, Ts...> find(const_iterator pos, Condition &&cond, Ns... names) const
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Ns), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// return {*this, pos, std::forward<Condition>(cond), std::forward<Ns>(names)...};
// }
// // --------------------------------------------------------------------
// // if you only expect a single row
// Row find1(Condition &&cond)
// {
// return find1(cbegin(), std::forward<Condition>(cond));
// }
// Row find1(const_iterator pos, Condition &&cond)
// {
// auto h = find(pos, std::forward<Condition>(cond));
// if (h.empty())
// throw std::runtime_error("No hits found");
// if (h.size() != 1)
// throw std::runtime_error("Hit not unique");
// return *h.begin();
// }
// const Row find1(Condition &&cond) const
// {
// return find1(cbegin(), std::forward<Condition>(cond));
// }
// const Row find1(const_iterator pos, Condition &&cond) const
// {
// auto h = find(pos, std::forward<Condition>(cond));
// if (h.empty())
// throw std::runtime_error("No hits found");
// if (h.size() != 1)
// throw std::runtime_error("Hit not unique");
// return *h.begin();
// }
// template <typename T>
// T find1(Condition &&cond, const char *column) const
// {
// return find1<T>(cbegin(), std::forward<Condition>(cond), column);
// }
// template <typename T>
// T find1(const_iterator pos, Condition &&cond, const char *column) const
// {
// auto h = find<T>(pos, std::forward<Condition>(cond), column);
// if (h.empty())
// throw std::runtime_error("No hits found");
// if (h.size() != 1)
// throw std::runtime_error("Hit not unique");
// return std::get<0>(*h.begin());
// }
// template <typename... Ts, typename... Cs, typename U = std::enable_if_t<sizeof...(Ts) != 1>>
// std::tuple<Ts...> find1(Condition &&cond, Cs... columns) const
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Cs), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// // static_assert(std::is_same_v<Cs, const char*>..., "The column names should be const char");
// return find1<Ts...>(cbegin(), std::forward<Condition>(cond), std::forward<Cs>(columns)...);
// }
// template <typename... Ts, typename... Cs, typename U = std::enable_if_t<sizeof...(Ts) != 1>>
// std::tuple<Ts...> find1(const_iterator pos, Condition &&cond, Cs... columns) const
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Cs), "The number of column titles should be equal to the number of types to return");
// auto h = find<Ts...>(pos, std::forward<Condition>(cond), std::forward<Cs>(columns)...);
// if (h.empty())
// throw std::runtime_error("No hits found");
// if (h.size() != 1)
// throw std::runtime_error("Hit not unique");
// return *h.begin();
// }
// bool exists(Condition &&cond) const;
// RowSet orderBy(const std::string &Item)
// {
// return orderBy({Item});
// }
// RowSet orderBy(std::initializer_list<std::string> Items);
// std::tuple<Row, bool> emplace(Item value) { return emplace({value}); }
// std::tuple<Row, bool> emplace(std::initializer_list<Item> values)
// {
// return emplace(values.begin(), values.end());
// }
// std::tuple<Row, bool> emplace(Row r);
// template <class Iter>
// std::tuple<Row, bool> emplace(Iter b, Iter e);
// size_t erase(Condition &&cond);
// size_t erase(Condition &&cond, std::function<void(const Row &)> &&visit);
// void erase(Row r);
// iterator erase(iterator ri);
// /// \brief Create a copy of Row \a r and return the copy. If this row has
// /// a single key field, this will be updated with a new unique value.
// Row copyRow(const Row &r);
// // erase without cascade, should only be used when speed is needed
// size_t erase_nocascade(Condition &&cond)
// {
// return erase_nocascade(std::forward<Condition>(cond), [](auto r) {});
// }
// size_t erase_nocascade(Condition &&cond, std::function<void(const Row &)> &&visit)
// {
// auto savedValidator = mValidator;
// mValidator = nullptr;
// auto result = erase(std::forward<Condition>(cond), std::forward<std::function<void(const Row &)>>(visit));
// mValidator = savedValidator;
// return result;
// }
// void eraseOrphans(Condition &&cond);
// /// an orphan is a row that is the child side of one or more
// /// links and for which there is no single parent left.
// bool isOrphan(Row r);
// bool hasParent(Row r, const Category &parentCat, const ValidateLink &link) const;
// bool hasChildren(Row r) const;
// bool hasParents(Row r) const;
// RowSet getChildren(Row r, Category &childCat);
// RowSet getChildren(Row r, const char *childCat);
// RowSet getParents(Row r, Category &parentCat);
// RowSet getParents(Row r, const char *parentCat);
// RowSet getLinked(Row r, Category &cat);
// RowSet getLinked(Row r, const char *cat);
// bool isValid();
// void validateLinks() const;
// const Validator &getValidator() const;
// const ValidateCategory *getCatValidator() const { return mCatValidator; }
// Datablock &db() { return mDb; }
// void setValidator(const Validator *v);
// iset fields() const;
// iset mandatoryFields() const;
// iset keyFields() const;
// std::set<size_t> keyFieldsByIndex() const;
// void drop(const std::string &field);
// void getTagOrder(std::vector<std::string> &tags) const;
// // return index for known column, or the next available column index
// size_t getColumnIndex(std::string_view name) const;
// bool hasColumn(std::string_view name) const;
// const std::string &getColumnName(size_t columnIndex) const;
// std::vector<std::string> getColumnNames() const;
// void reorderByIndex();
// void sort(std::function<int(const Row &, const Row &)> comparator);
// // --------------------------------------------------------------------
// /// Rename a single column in the rows that match \a cond to value \a value
// /// making sure the linked categories are updated according to the link.
// /// That means, child categories are updated if the links are absolute
// /// and unique. If they are not, the child category rows are split.
// void update_value(Condition &&cond, const std::string &tag, const std::string &value)
// {
// update_value(RowSet{*this, std::move(cond)}, tag, value);
// }
// void update_value(RowSet &&rows, const std::string &tag, const std::string &value);
// // --------------------------------------------------------------------
// // generate a new, unique ID. Pass it an ID generating function based on
// // a sequence number. This function will be called until the result is
// // unique in the context of this category
// std::string getUniqueID(std::function<std::string(int)> generator = cif::cif_id_for_number);
// std::string getUniqueID(const std::string &prefix)
// {
// return getUniqueID([prefix](int nr)
// { return prefix + std::to_string(nr + 1); });
// }
// // --------------------------------------------------------------------
// // for debugging
// friend bool operator==(const Category &lhs, const Category &rhs);
// private:
// void write(std::ostream &os);
// void write(std::ostream &os, const std::vector<std::string> &order);
// void write(std::ostream &os, const std::vector<size_t> &order, bool includeEmptyColumns);
// size_t addColumn(std::string_view name);
// struct Linked
// {
// Category *linked;
// const ValidateLink *v;
// };
// void updateLinks();
// Datablock &mDb;
// std::string mName;
// const Validator *mValidator;
// const ValidateCategory *mCatValidator = nullptr;
// std::vector<ItemColumn> mColumns;
// ItemRow *mHead;
// ItemRow *mTail;
// size_t mLastUniqueNr = 0;
// class CatIndex *mIndex;
// std::vector<Linked> mParentLinks, mChildLinks;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// class File
// {
// public:
// friend class parser;
// friend class Validator;
// File();
// File(std::istream &is, bool validate = false);
// File(const std::filesystem::path &path, bool validate = false);
// File(const char *data, size_t length); // good luck trying to find out what it is...
// File(File &&rhs);
// File(const File &rhs) = delete;
// File &operator=(const File &rhs) = delete;
// virtual ~File();
// virtual void load(const std::filesystem::path &p);
// virtual void save(const std::filesystem::path &p);
// virtual void load(std::istream &is);
// virtual void save(std::ostream &os);
// virtual void load(const char *data, std::size_t length);
// /// \brief Load only the data block \a datablock from the mmCIF file
// void load(std::istream &is, const std::string &datablock);
// void save(std::ostream &os, const std::vector<std::string> &order) { write(os, order); }
// void write(std::ostream &os, const std::vector<std::string> &order);
// void loadDictionary(); // load the default dictionary, that is mmcifDdl in this case
// void loadDictionary(const char *dict); // load one of the compiled in dictionaries
// void setValidator(const Validator *v);
// bool isValid();
// void validateLinks() const;
// const Datablock &firstDatablock() const
// {
// if (mHead == nullptr)
// throw std::runtime_error("No datablocks in file");
// return *mHead;
// }
// Datablock &firstDatablock()
// {
// if (mHead == nullptr)
// throw std::runtime_error("No datablocks in file");
// return *mHead;
// }
// void append(Datablock *e);
// Datablock &emplace(std::string_view name)
// {
// append(new Datablock(name));
// return back();
// }
// Datablock *get(std::string_view name) const;
// Datablock &operator[](std::string_view name);
// struct iterator
// {
// using iterator_category = std::forward_iterator_tag;
// using value_type = Datablock;
// using difference_type = std::ptrdiff_t;
// using pointer = value_type *;
// using reference = value_type &;
// iterator(Datablock *db)
// : mCurrent(db)
// {
// }
// reference operator*() { return *mCurrent; }
// pointer operator->() { return mCurrent; }
// iterator &operator++();
// iterator operator++(int)
// {
// iterator result(*this);
// this->operator++();
// return result;
// }
// bool operator==(const iterator &rhs) const { return mCurrent == rhs.mCurrent; }
// bool operator!=(const iterator &rhs) const { return not(mCurrent == rhs.mCurrent); }
// private:
// Datablock *mCurrent;
// };
// iterator begin() const;
// iterator end() const;
// Datablock &front();
// Datablock &back();
// bool empty() const { return mHead == nullptr; }
// const Validator &getValidator() const;
// void getTagOrder(std::vector<std::string> &tags) const;
// private:
// Datablock *mHead;
// const Validator *mValidator;
// };
// // --------------------------------------------------------------------
// // some postponed inlines
// namespace detail
// {
// template <typename T>
// inline bool AnyIsConditionImpl<T>::test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// bool result = false;
// for (auto &f : c.fields())
// {
// try
// {
// if (r[f].as<valueType>() == mValue)
// {
// result = true;
// break;
// }
// }
// catch (...)
// {
// }
// }
// return result;
// }
// inline bool AnyMatchesConditionImpl::test(const Category &c, const Row &r) const
// {
// bool result = false;
// for (auto &f : c.fields())
// {
// try
// {
// if (std::regex_match(r[f].as<std::string>(), mRx))
// {
// result = true;
// break;
// }
// }
// catch (...)
// {
// }
// }
// return result;
// }
// } // namespace detail
// // these should be here, as I learned today
// inline void swap(cif::Row &a, cif::Row &b)
// {
// a.swap(b);
// }
// inline void swap(cif::detail::ItemReference &a, cif::detail::ItemReference &b)
// {
// a.swap(b);
// }
// // --------------------------------------------------------------------
// template <typename Category, typename... Ts>
// iterator_proxy<Category, Ts...>::iterator_proxy(Category &cat, row_iterator pos, char const *const columns[N])
// : mCat(&cat)
// , mCBegin(pos)
// , mCEnd(cat.end())
// {
// for (size_t i = 0; i < N; ++i)
// mCix[i] = mCat->getColumnIndex(columns[i]);
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// iterator_proxy<Category, Ts...>::iterator_proxy(Category &cat, row_iterator pos, std::initializer_list<char const *> columns)
// : mCat(&cat)
// , mCBegin(pos)
// , mCEnd(cat.end())
// {
// // static_assert(columns.size() == N, "The list of column names should be exactly the same as the list of requested columns");
// std::size_t i = 0;
// for (auto column : columns)
// mCix[i++] = mCat->getColumnIndex(column);
// }
// // --------------------------------------------------------------------
// template <typename Category, typename... Ts>
// conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::conditional_iterator_impl::conditional_iterator_impl(
// Category &cat, row_iterator pos, const Condition &cond, const std::array<size_t, N> &cix)
// : mCat(&cat)
// , mBegin(pos, cix)
// , mEnd(cat.end(), cix)
// , mCondition(&cond)
// {
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::conditional_iterator_proxy(conditional_iterator_proxy &&p)
// : mCat(nullptr)
// , mCBegin(p.mCBegin)
// , mCEnd(p.mCEnd)
// , mCix(p.mCix)
// {
// std::swap(mCat, p.mCat);
// std::swap(mCix, p.mCix);
// mCondition.swap(p.mCondition);
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// template <typename... Ns>
// conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::conditional_iterator_proxy(Category &cat, row_iterator pos, Condition &&cond, Ns... names)
// : mCat(&cat)
// , mCondition(std::move(cond))
// , mCBegin(pos)
// , mCEnd(cat.end())
// {
// static_assert(sizeof...(Ts) == sizeof...(Ns), "Number of column names should be equal to number of requested value types");
// mCondition.prepare(cat);
// while (mCBegin != mCEnd and not mCondition(*mCat, mCBegin.row()))
// ++mCBegin;
// size_t i = 0;
// ((mCix[i++] = mCat->getColumnIndex(names)), ...);
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// conditional_iterator_proxy<Category, Ts...> &conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::operator=(conditional_iterator_proxy &&p)
// {
// swap(p);
// return *this;
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// typename conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::iterator conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::begin() const
// {
// return iterator(*mCat, mCBegin, mCondition, mCix);
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// typename conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::iterator conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::end() const
// {
// return iterator(*mCat, mCEnd, mCondition, mCix);
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// bool conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::empty() const
// {
// return mCBegin == mCEnd;
// }
// template <typename Category, typename... Ts>
// void conditional_iterator_proxy<Category, Ts...>::swap(conditional_iterator_proxy &rhs)
// {
// std::swap(mCat, rhs.mCat);
// mCondition.swap(rhs.mCondition);
// std::swap(mCBegin, rhs.mCBegin);
// std::swap(mCEnd, rhs.mCEnd);
// std::swap(mCix, rhs.mCix);
// }
// } // namespace cif
include/cif++/category.hpp
...@@ -329,13 +329,8 @@ class category ...@@ -329,13 +329,8 @@ class category
bool has_parents(row_handle r) const; bool has_parents(row_handle r) const;
std::vector<row_handle> get_children(row_handle r, const category &childCat) const; std::vector<row_handle> get_children(row_handle r, const category &childCat) const;
// std::vector<row_handle> getChildren(row_handle r, const char *childCat);
std::vector<row_handle> get_parents(row_handle r, const category &parentCat) const; std::vector<row_handle> get_parents(row_handle r, const category &parentCat) const;
// std::vector<row_handle> getParents(row_handle r, const char *parentCat);
std::vector<row_handle> get_linked(row_handle r, const category &cat) const; std::vector<row_handle> get_linked(row_handle r, const category &cat) const;
// std::vector<row_handle> getLinked(row_handle r, const char *cat);
// -------------------------------------------------------------------- // --------------------------------------------------------------------
...@@ -467,6 +462,10 @@ class category ...@@ -467,6 +462,10 @@ class category
// -------------------------------------------------------------------- // --------------------------------------------------------------------
void reorder_by_index();
// --------------------------------------------------------------------
std::vector<std::string> get_tag_order() const; std::vector<std::string> get_tag_order() const;
void write(std::ostream &os) const; void write(std::ostream &os) const;
......
src/category.cpp
...@@ -1638,6 +1638,12 @@ category::iterator category::erase_impl(const_iterator pos) ...@@ -1638,6 +1638,12 @@ category::iterator category::erase_impl(const_iterator pos)
// return iterator(*this, cur); // return iterator(*this, cur);
} }
void category::reorder_by_index()
{
if (m_index)
std::tie(m_head, m_tail) = m_index->reorder();
}
namespace detail namespace detail
{ {
......
test/unit-v2-test.cpp
...@@ -2264,3 +2264,119 @@ BOOST_AUTO_TEST_CASE(replace_all_test) ...@@ -2264,3 +2264,119 @@ BOOST_AUTO_TEST_CASE(replace_all_test)
BOOST_CHECK_EQUAL(s, "aap, noot, mies"); BOOST_CHECK_EQUAL(s, "aap, noot, mies");
} }
// --------------------------------------------------------------------
BOOST_AUTO_TEST_CASE(reorder_test)
{
const char dict[] = R"(
data_test_dict.dic
_datablock.id test_dict.dic
_datablock.description
;
A test dictionary
;
_dictionary.title test_dict.dic
_dictionary.datablock_id test_dict.dic
_dictionary.version 1.0
loop_
_item_type_list.code
_item_type_list.primitive_code
_item_type_list.construct
_item_type_list.detail
code char
'[][_,.;:"&<>()/\{}'`~!@#$%A-Za-z0-9*|+-]*'
; code item types/single words ...
;
text char
'[][ \n\t()_,.;:"&<>/\{}'`~!@#$%?+=*A-Za-z0-9|^-]*'
; text item types / multi-line text ...
;
int numb
'[+-]?[0-9]+'
; int item types are the subset of numbers that are the negative
or positive integers.
;
save_cat_1
_category.description 'A simple test category'
_category.id cat_1
_category.mandatory_code no
_category_key.name '_cat_1.id'
save_
save__cat_1.id
_item.name '_cat_1.id'
_item.category_id cat_1
_item.mandatory_code yes
_item_aliases.dictionary cif_core.dic
_item_aliases.version 2.0.1
_item_type.code code
save_
save__cat_1.name
_item.name '_cat_1.name'
_item.category_id cat_1
_item.mandatory_code yes
_item_aliases.dictionary cif_core.dic
_item_aliases.version 2.0.1
_item_type.code text
save_
)";
struct membuf : public std::streambuf
{
membuf(char *text, size_t length)
{
this->setg(text, text, text + length);
}
} buffer(const_cast<char *>(dict), sizeof(dict) - 1);
std::istream is_dict(&buffer);
auto validator = cif::parse_dictionary("test", is_dict);
cif::file f;
f.set_validator(&validator);
// --------------------------------------------------------------------
const char data[] = R"(
data_test
loop_
_cat_1.id
_cat_1.name
2 Noot
1 Aap
3 Mies
)";
struct data_membuf : public std::streambuf
{
data_membuf(char *text, size_t length)
{
this->setg(text, text, text + length);
}
} data_buffer(const_cast<char *>(data), sizeof(data) - 1);
std::istream is_data(&data_buffer);
f.load(is_data);
BOOST_ASSERT(f.is_valid());
auto &cat1 = f.front()["cat_1"];
cat1.reorder_by_index();
int n = 1;
const char *ts[] = {"Aap", "Noot", "Mies"};
for (const auto &[id, name] : cat1.rows<int,std::string>("id", "name"))
{
BOOST_CHECK_EQUAL(id, n);
BOOST_CHECK_EQUAL(name, ts[n - 1]);
++n;
}
}
\ No newline at end of file
Markdown is supported
0% or
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment