Skip to content

L
libcifpp
Commit 879e15c7 by Maarten L. Hekkelman
Options

Merge branch 'develop' of github.com:PDB-REDO/libcifpp into develop

parents 89285b4a c584714f
Showing with 333 additions and 15 deletions
include/cif++/AtomType.hpp
......@@ -172,19 +172,26 @@ enum AtomType : uint8_t
// --------------------------------------------------------------------
// AtomTypeInfo
enum RadiusType
enum class RadiusType
{
eRadiusCalculated,
eRadiusEmpirical,
eRadiusCovalentEmpirical,
Calculated,
Empirical,
CovalentEmpirical,
eRadiusSingleBond,
eRadiusDoubleBond,
eRadiusTripleBond,
SingleBond,
DoubleBond,
TripleBond,
eRadiusVanderWaals,
VanderWaals,
eRadiusTypeCount
TypeCount
};
constexpr size_t RadiusTypeCount = static_cast<size_t>(RadiusType::TypeCount);
enum class IonicRadiusType
{
Effective, Crystal
};
struct AtomTypeInfo
......@@ -194,7 +201,7 @@ struct AtomTypeInfo
std::string symbol;
float weight;
bool metal;
float radii[eRadiusTypeCount];
float radii[RadiusTypeCount];
};
extern const AtomTypeInfo kKnownAtoms[];
......@@ -218,11 +225,32 @@ class AtomTypeTraits
static bool isElement(const std::string &symbol);
static bool isMetal(const std::string &symbol);
float radius(RadiusType type = eRadiusSingleBond) const
float radius(RadiusType type = RadiusType::SingleBond) const
{
if (type >= eRadiusTypeCount)
if (type >= RadiusType::TypeCount)
throw std::invalid_argument("invalid radius requested");
return mInfo->radii[type] / 100.f;
return mInfo->radii[static_cast<size_t>(type)] / 100.f;
}
/// \brief Return the radius for a charged version of this atom in a solid crystal
///
/// \param charge The charge of the ion
/// \return The radius of the ion
float crystal_ionic_radius(int charge) const;
/// \brief Return the radius for a charged version of this atom in a non-solid environment
///
/// \param charge The charge of the ion
/// \return The radius of the ion
float effective_ionic_radius(int charge) const;
/// \brief Return the radius for a charged version of this atom, returns the effective radius by default
///
/// \param charge The charge of the ion
/// \return The radius of the ion
float ionic_radius(int charge, IonicRadiusType type = IonicRadiusType::Effective) const
{
return type == IonicRadiusType::Effective ? effective_ionic_radius(charge) : crystal_ionic_radius(charge);
}
// data type encapsulating the Waasmaier & Kirfel scattering factors
......
include/cif++/Structure.hpp
......@@ -312,6 +312,8 @@ class Residue
virtual ~Residue();
const Compound &compound() const;
AtomView &atoms();
const AtomView &atoms() const;
void addAtom(const Atom &atom)
......
src/AtomType.cpp
......@@ -159,12 +159,222 @@ const AtomTypeInfo kKnownAtoms[] =
{ Ts, "Tennessine", "Ts", 294, true, { kNA, kNA, kNA, 165, kNA, kNA, kNA } }, // 117 Ts Tenness­ine
{ Og, "Oganesson", "Og", 294, true, { kNA, kNA, kNA, 157, kNA, kNA, kNA } }, // 118 Og Oga­nesson
{ D, "Deuterium", "D", 2.014f, false, { 53, 25, 37, 32, kNA, kNA, 120 } }, // 1 D Deuterium
{ D, "Deuterium", "D", 2.014f, false, { 53, 25, 37, 32, kNA, kNA, 120 } }, // 1 D Deuterium
};
uint32_t kKnownAtomsCount = sizeof(kKnownAtoms) / sizeof(AtomTypeInfo);
// --------------------------------------------------------------------
// Crystal ionic radii, as taken from Wikipedia (https://en.m.wikipedia.org/wiki/Ionic_radius)
const struct IonicRadii
{
AtomType type;
float radii[11];
} kCrystalIonicRadii[] = {
{ H, { kNA, kNA, 208, -4, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Hydrogen
{ Li, { kNA, kNA, kNA, 90, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lithium
{ Be, { kNA, kNA, kNA, kNA, 59, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Beryllium
{ B, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 41, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Boron
{ C, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 30, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Carbon
{ N, { 132, kNA, kNA, kNA, kNA, 30, kNA, 27, kNA, kNA, kNA } }, // Nitrogen
{ O, { kNA, 126, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Oxygen
{ F, { kNA, kNA, 119, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 22, kNA } }, // Fluorine
{ Na, { kNA, kNA, kNA, 116, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Sodium
{ Mg, { kNA, kNA, kNA, kNA, 86, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Magnesium
{ Al, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 67.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Aluminium
{ Si, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 54, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Silicon
{ P, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 58, kNA, 52, kNA, kNA, kNA } }, // Phosphorus
{ S, { kNA, 170, kNA, kNA, kNA, kNA, 51, kNA, 43, kNA, kNA } }, // Sulfur
{ Cl, { kNA, kNA, 181, kNA, kNA, kNA, kNA, 26, kNA, 41, kNA } }, // Chlorine
{ K, { kNA, kNA, kNA, 152, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Potassium
{ Ca, { kNA, kNA, kNA, kNA, 114, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Calcium
{ Sc, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 88.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Scandium
{ Ti, { kNA, kNA, kNA, kNA, 100, 81, 74.5, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Titanium
{ V, { kNA, kNA, kNA, kNA, 93, 78, 72, 68, kNA, kNA, kNA } }, // Vanadium
{ Cr, { kNA, kNA, kNA, kNA, 87, 75.5, 69, 63, 58, kNA, kNA } }, // Chromium ls
// { Cr,{ kNA, kNA, kNA, kNA, 94, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Chromium hs
{ Mn, { kNA, kNA, kNA, kNA, 81, 72, 67, 47, 39.5, 60, kNA } }, // Manganese ls
// { Mn,{ kNA, kNA, kNA, kNA, 97, 78.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Manganese hs
{ Fe, { kNA, kNA, kNA, kNA, 75, 69, 72.5, kNA, 39, kNA, kNA } }, // Iron ls
// { Fe,{ kNA, kNA, kNA, kNA, 92, 78.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Iron hs
{ Co, { kNA, kNA, kNA, kNA, 79, 68.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cobalt ls
// { Co,{ kNA, kNA, kNA, kNA, 88.5, 75, 67, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cobalt hs
{ Ni, { kNA, kNA, kNA, kNA, 83, 70, 62, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Nickel ls
// { Ni,{ kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 74, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Nickel hs
{ Cu, { kNA, kNA, kNA, 91, 87, 68, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Copper
{ Zn, { kNA, kNA, kNA, kNA, 88 , kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Zinc
{ Ga, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 76, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Gallium
{ Ge, { kNA, kNA, kNA, kNA, 87, kNA, 67, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Germanium
{ As, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 72, kNA, 60, kNA, kNA, kNA } }, // Arsenic
{ Se, { kNA, 184, kNA, kNA, kNA, kNA, 64, kNA, 56, kNA, kNA } }, // Selenium
{ Br, { kNA, kNA, 182, kNA, kNA, 73, kNA, 45, kNA, 53, kNA } }, // Bromine
{ Rb, { kNA, kNA, kNA, 166, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Rubidium
{ Sr, { kNA, kNA, kNA, kNA, 132, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Strontium
{ Y, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 104, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Yttrium
{ Zr, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 86, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Zirconium
{ Nb, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 86, 82, 78, kNA, kNA, kNA } }, // Niobium
{ Mo, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 83, 79, 75, 73, kNA, kNA } }, // Molybdenum
{ Tc, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 78.5, 74, kNA, 70, kNA } }, // Technetium
{ Ru, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 82, 76, 70.5, kNA, 52, 150 } }, // Ruthenium
{ Rh, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 80.5, 74, 69, kNA, kNA, kNA } }, // Rhodium
{ Pd, { kNA, kNA, kNA, 73, 100, 90, 75.5, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Palladium
{ Ag, { kNA, kNA, kNA, 129, 108, 89, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Silver
{ Cd, { kNA, kNA, kNA, kNA, 109, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cadmium
{ In, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 94, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Indium
{ Sn, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 83, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Tin
{ Sb, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 90, kNA, 74, kNA, kNA, kNA } }, // Antimony
{ Te, { kNA, 207, kNA, kNA, kNA, kNA, 111, kNA, 70, kNA, kNA } }, // Tellurium
{ I, { kNA, kNA, 206, kNA, kNA, kNA, kNA, 109, kNA, 67, kNA } }, // Iodine
{ Xe, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 62 } }, // Xenon
{ Cs, { kNA, kNA, kNA, 167, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Caesium
{ Ba, { kNA, kNA, kNA, kNA, 149, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Barium
{ La, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 117.2, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lanthanum
{ Ce, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 115, 101, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cerium
{ Pr, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 113, 99, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Praseodymium
{ Nd, { kNA, kNA, kNA, kNA, 143, 112.3, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Neodymium
{ Pm, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 111, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Promethium
{ Sm, { kNA, kNA, kNA, kNA, 136, 109.8, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Samarium
{ Eu, { kNA, kNA, kNA, kNA, 131, 108.7, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Europium
{ Gd, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 107.8, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Gadolinium
{ Tb, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 106.3, 90, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Terbium
{ Dy, { kNA, kNA, kNA, kNA, 121, 105.2, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Dysprosium
{ Ho, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 104.1, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Holmium
{ Er, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 103, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Erbium
{ Tm, { kNA, kNA, kNA, kNA, 117, 102, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Thulium
{ Yb, { kNA, kNA, kNA, kNA, 116, 100.8, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Ytterbium
{ Lu, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 100.1, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lutetium
{ Hf, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 85, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Hafnium
{ Ta, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 86, 82, 78, kNA, kNA, kNA } }, // Tantalum
{ W, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 80, 76, 74, kNA, kNA } }, // Tungsten
{ Re, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 77, 72, 69, 67, kNA } }, // Rhenium
{ Os, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 77, 71.5, 68.5, 66.5, 53 } }, // Osmium
{ Ir, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 82, 76.5, 71, kNA, kNA, kNA } }, // Iridium
{ Pt, { kNA, kNA, kNA, kNA, 94, kNA, 76.5, 71, kNA, kNA, kNA } }, // Platinum
{ Au, { kNA, kNA, kNA, 151, kNA, 99, kNA, 71, kNA, kNA, kNA } }, // Gold
{ Hg, { kNA, kNA, kNA, 133, 116, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Mercury
{ Tl, { kNA, kNA, kNA, 164, kNA, 102.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Thallium
{ Pb, { kNA, kNA, kNA, kNA, 133, kNA, 91.5, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lead
{ Bi, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 117, kNA, 90, kNA, kNA, kNA } }, // Bismuth
{ Po, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 108, kNA, 81, kNA, kNA } }, // Polonium
{ At, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 76, kNA } }, // Astatine
{ Fr, { kNA, kNA, kNA, 194, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Francium
{ Ra, { kNA, kNA, kNA, kNA, 162, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Radium
{ Ac, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 126, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Actinium
{ Th, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 108, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Thorium
{ Pa, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 116, 104, 92, kNA, kNA, kNA } }, // Protactinium
{ U, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 116.5, 103, 90, 87, kNA, kNA } }, // Uranium
{ Np, { kNA, kNA, kNA, kNA, 124, 115, 101, 89, 86, 85, kNA } }, // Neptunium
{ Pu, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 114, 100, 88, 85, kNA, kNA } }, // Plutonium
{ Am, { kNA, kNA, kNA, kNA, 140, 111.5, 99, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Americium
{ Cm, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 111, 99, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Curium
{ Bk, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 110, 97, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Berkelium
{ Cf, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 109, 96.1, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Californium
{ Es, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 92.8, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Einsteinium
}, kEffectiveIonicRadii[] = {
{ H, { kNA, kNA, 139.9, -18, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Hydrogen
{ Li, { kNA, kNA, kNA, 76, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lithium
{ Be, { kNA, kNA, kNA, kNA, 45, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Beryllium
{ B, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 27, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Boron
{ C, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 16, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Carbon
{ N, { 146, kNA, kNA, kNA, kNA, 16, kNA, 13, kNA, kNA, kNA } }, // Nitrogen
{ O, { kNA, 140, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Oxygen
{ F, { kNA, kNA, 133, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 8, kNA } }, // Fluorine
{ Na, { kNA, kNA, kNA, 102, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Sodium
{ Mg, { kNA, kNA, kNA, kNA, 72, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Magnesium
{ Al, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 53.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Aluminium
{ Si, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 40, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Silicon
{ P, { 212, kNA, kNA, kNA, kNA, 44, kNA, 38, kNA, kNA, kNA } }, // Phosphorus
{ S, { kNA, 184, kNA, kNA, kNA, kNA, 37, kNA, 29, kNA, kNA } }, // Sulfur
{ Cl, { kNA, kNA, 181, kNA, kNA, kNA, kNA, 12, kNA, 27, kNA } }, // Chlorine
{ K, { kNA, kNA, kNA, 138, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Potassium
{ Ca, { kNA, kNA, kNA, kNA, 100, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Calcium
{ Sc, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 74.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Scandium
{ Ti, { kNA, kNA, kNA, kNA, 86, 67, 60.5, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Titanium
{ V, { kNA, kNA, kNA, kNA, 79, 64, 58, 54, kNA, kNA, kNA } }, // Vanadium
{ Cr, { kNA, kNA, kNA, kNA, 73, 61.5, 55, 49, 44, kNA, kNA } }, // Chromium ls
{ Cr, { kNA, kNA, kNA, kNA, 80, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Chromium hs
{ Mn, { kNA, kNA, kNA, kNA, 67, 58, 53, 33, 25.5, 46, kNA } }, // Manganese ls
{ Mn, { kNA, kNA, kNA, kNA, 83, 64.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Manganese hs
{ Fe, { kNA, kNA, kNA, kNA, 61, 55, 58.5, kNA, 25, kNA, kNA } }, // Iron ls
{ Fe, { kNA, kNA, kNA, kNA, 78, 64.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Iron hs
{ Co, { kNA, kNA, kNA, kNA, 65, 54.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cobalt ls
{ Co, { kNA, kNA, kNA, kNA, 74.5, 61, 53, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cobalt hs
{ Ni, { kNA, kNA, kNA, kNA, 69, 56, 48, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Nickel ls
{ Ni, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 60, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Nickel hs
{ Cu, { kNA, kNA, kNA, 77, 73, 54, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Copper
{ Zn, { kNA, kNA, kNA, kNA, 74, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Zinc
{ Ga, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 62, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Gallium
{ Ge, { kNA, kNA, kNA, kNA, 73, kNA, 53, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Germanium
{ As, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 58, kNA, 46, kNA, kNA, kNA } }, // Arsenic
{ Se, { kNA, 198, kNA, kNA, kNA, kNA, 50, kNA, 42, kNA, kNA } }, // Selenium
{ Br, { kNA, kNA, 196, kNA, kNA, 59, kNA, 31, kNA, 39, kNA } }, // Bromine
{ Rb, { kNA, kNA, kNA, 152, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Rubidium
{ Sr, { kNA, kNA, kNA, kNA, 118, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Strontium
{ Y, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 90, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Yttrium
{ Zr, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 72, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Zirconium
{ Nb, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 72, 68, 64, kNA, kNA, kNA } }, // Niobium
{ Mo, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 69, 65, 61, 59, kNA, kNA } }, // Molybdenum
{ Tc, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 64.5, 60, kNA, 56, kNA } }, // Technetium
{ Ru, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 68, 62, 56.5, kNA, 38, 36 } }, // Ruthenium
{ Rh, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 66.5, 60, 55, kNA, kNA, kNA } }, // Rhodium
{ Pd, { kNA, kNA, kNA, 59, 86, 76, 61.5, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Palladium
{ Ag, { kNA, kNA, kNA, 115, 94, 75, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Silver
{ Cd, { kNA, kNA, kNA, kNA, 95, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cadmium
{ In, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 80, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Indium
{ Sn, { kNA, kNA, kNA, kNA, 118, kNA, 69, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Tin
{ Sb, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 76, kNA, 60, kNA, kNA, kNA } }, // Antimony
{ Te, { kNA, 221, kNA, kNA, kNA, kNA, 97, kNA, 56, kNA, kNA } }, // Tellurium
{ I, { kNA, kNA, 220, kNA, kNA, kNA, kNA, 95, kNA, 53, kNA } }, // Iodine
{ Xe, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 48 } }, // Xenon
{ Cs, { kNA, kNA, kNA, 167, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Caesium
{ Ba, { kNA, kNA, kNA, kNA, 135, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Barium
{ La, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 103.2, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lanthanum
{ Ce, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 101, 87, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Cerium
{ Pr, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 99, 85, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Praseodymium
{ Nd, { kNA, kNA, kNA, kNA, 129, 98.3, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Neodymium
{ Pm, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 97, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Promethium
{ Sm, { kNA, kNA, kNA, kNA, 122, 95.8, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Samarium
{ Eu, { kNA, kNA, kNA, kNA, 117, 94.7, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Europium
{ Gd, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 93.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Gadolinium
{ Tb, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 92.3, 76, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Terbium
{ Dy, { kNA, kNA, kNA, kNA, 107, 91.2, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Dysprosium
{ Ho, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 90.1, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Holmium
{ Er, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 89, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Erbium
{ Tm, { kNA, kNA, kNA, kNA, 103, 88, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Thulium
{ Yb, { kNA, kNA, kNA, kNA, 102, 86.8, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Ytterbium
{ Lu, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 86.1, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lutetium
{ Hf, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 71, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Hafnium
{ Ta, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 72, 68, 64, kNA, kNA, kNA } }, // Tantalum
{ W, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 66, 62, 60, kNA, kNA } }, // Tungsten
{ Re, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 63, 58, 55, 53, kNA } }, // Rhenium
{ Os, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 63, 57.5, 54.5, 52.5, 39 } }, // Osmium
{ Ir, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 68, 62.5, 57, kNA, kNA, kNA } }, // Iridium
{ Pt, { kNA, kNA, kNA, kNA, 80, kNA, 62.5, 57, kNA, kNA, kNA } }, // Platinum
{ Au, { kNA, kNA, kNA, 137, kNA, 85, kNA, 57, kNA, kNA, kNA } }, // Gold
{ Hg, { kNA, kNA, kNA, 119, 102, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Mercury
{ Tl, { kNA, kNA, kNA, 150, kNA, 88.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Thallium
{ Pb, { kNA, kNA, kNA, kNA, 119, kNA, 77.5, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Lead
{ Bi, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 103, kNA, 76, kNA, kNA, kNA } }, // Bismuth
{ Po, { kNA, 223, kNA, kNA, kNA, kNA, 94, kNA, 67, kNA, kNA } }, // Polonium
{ At, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 62, kNA } }, // Astatine
{ Fr, { kNA, kNA, kNA, 180, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Francium
{ Ra, { kNA, kNA, kNA, kNA, 148, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Radium
{ Ac, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 106.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Actinium
{ Th, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 94, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Thorium
{ Pa, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 104, 90, 78, kNA, kNA, kNA } }, // Protactinium
{ U, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 102.5, 89, 76, 73, kNA, kNA } }, // Uranium
{ Np, { kNA, kNA, kNA, kNA, 110, 101, 87, 75, 72, 71, kNA } }, // Neptunium
{ Pu, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 100, 86, 74, 71, kNA, kNA } }, // Plutonium
{ Am, { kNA, kNA, kNA, kNA, 126, 97.5, 85, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Americium
{ Cm, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 97, 85, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Curium
{ Bk, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 96, 83, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Berkelium
{ Cf, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 95, 82.1, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Californium
{ Es, { kNA, kNA, kNA, kNA, kNA, 83.5, kNA, kNA, kNA, kNA, kNA } }, // Einsteinium
};
// --------------------------------------------------------------------
// The coefficients from Waasmaier & Kirfel (1995), Acta Cryst. A51, 416-431.
struct SFDataArrayElement
......@@ -886,5 +1096,45 @@ auto AtomTypeTraits::elsf() const -> const SFData&
throw std::runtime_error("No scattering factor found for " + name());
}
// ionic radii
float AtomTypeTraits::crystal_ionic_radius(int charge) const
{
float result = data::kNA;
if (charge >= -3 and charge <= 8)
{
for (auto &r : data::kCrystalIonicRadii)
{
if (r.type != mInfo->type)
continue;
result = r.radii[charge < 0 ? charge + 3 : charge + 2] / 100.0f;
break;
}
}
return result;
}
float AtomTypeTraits::effective_ionic_radius(int charge) const
{
float result = data::kNA;
if (charge >= -3 and charge <= 8)
{
for (auto &r : data::kEffectiveIonicRadii)
{
if (r.type != mInfo->type)
continue;
result = r.radii[charge < 0 ? charge + 3 : charge + 2] / 100.0f;
break;
}
}
return result;
}
}
src/Structure.cpp
......@@ -444,6 +444,14 @@ const Compound &Residue::compound() const
return *result;
}
AtomView &Residue::atoms()
{
if (mStructure == nullptr)
throw std::runtime_error("Invalid Residue object");
return mAtoms;
}
const AtomView &Residue::atoms() const
{
if (mStructure == nullptr)
......@@ -1990,6 +1998,21 @@ std::string Structure::createNonpoly(const std::string &entity_id, const std::ve
res.addAtom(newAtom);
}
auto &pdbx_nonpoly_scheme = db["pdbx_nonpoly_scheme"];
int ndb_nr = pdbx_nonpoly_scheme.find("asym_id"_key == asym_id and "entity_id"_key == entity_id).size() + 1;
pdbx_nonpoly_scheme.emplace({
{ "asym_id", asym_id },
{ "entity_id", entity_id },
{ "mon_id", comp_id },
{ "ndb_seq_num", ndb_nr },
{ "pdb_seq_num", res.authSeqID() },
{ "auth_seq_num", res.authSeqID() },
{ "pdb_mon_id", comp_id },
{ "auth_mon_id", comp_id },
{ "pdb_strand_id", asym_id },
{ "pdb_ins_code", "." },
});
return asym_id;
}
......@@ -2041,6 +2064,21 @@ std::string Structure::createNonpoly(const std::string &entity_id, std::vector<s
res.addAtom(newAtom);
}
auto &pdbx_nonpoly_scheme = db["pdbx_nonpoly_scheme"];
int ndb_nr = pdbx_nonpoly_scheme.find("asym_id"_key == asym_id and "entity_id"_key == entity_id).size() + 1;
pdbx_nonpoly_scheme.emplace({
{ "asym_id", asym_id },
{ "entity_id", entity_id },
{ "mon_id", comp_id },
{ "ndb_seq_num", ndb_nr },
{ "pdb_seq_num", res.authSeqID() },
{ "auth_seq_num", res.authSeqID() },
{ "pdb_mon_id", comp_id },
{ "auth_mon_id", comp_id },
{ "pdb_strand_id", asym_id },
{ "pdb_ins_code", "." },
});
return asym_id;
}
......
Markdown is supported
0% or
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment